Szpital został wybudowany przez Siostry Miłosierdzia w latach dwudziestych XX wieku i uroczyście poświęcony 21 maja 1929 roku.
Siostry Miłosierdzia prowadziły Szpital do października 1940 roku, kiedy to Niemcy zarekwirowali go dla swoich potrzeb zdrowotnych. W styczniu 1945 r. opuszczając Kraków, Niemcy wywieźli znaczną część urządzeń szpitalnych. Po nich Szpital zajęły wojska radzieckie dla swoich chorych i rannych. Dopiero w 1947 r. cały obiekt przejął polski resort spraw wewnętrznych z przeznaczeniem na leczenie własnych pracowników.
Po remoncie zdewastowanego obiektu, w styczniu 1948 r. ponownie otwarto Szpital jako czterooddziałowy na 129 łóżek z przychodnią przyszpitalną. Pracowało w nim wówczas 21 lekarzy i 39 pielęgniarek. Oddział Wewnętrzny dysponował 34-ma łóżkami, Oddział Chirurgiczny 35-ma, Oddział Ginekologiczno-Położniczy 30-ma i Oddział Skórno-Wenerologiczny również 30-ma. Szybko jednak Szpital okazał się zbyt mały w stosunku do powojennych potrzeb.
W czerwcu 2004 r. Zakład uzyskał certyfikat wg europejskiej normy ISO 9001, a w roku 2014 r. otrzymał certyfikat na zgodność z normami ISO 9001:2008, ISO 14001:2004 oraz OHSAS 18001:2007
W związku ze zmianami demograficznymi oraz potrzebami zdrowotnymi mieszkańców Krakowa, w 2013 roku podjęto decyzję o zmianie profilu działalności Szpitala. W związku z powyższym zamknięto: Oddział Dziecięcy, Oddział Neonatologiczny i część położniczą Oddziału Ginekologiczno-Położniczego. Uwzględniając potrzeby zdrowotne społeczeństwa, ukierunkowano działalność Szpitala na świadczenia osobom starszym. Obecnie Szpital stał się wielospecjalistycznym Szpitalem Geriatrycznym, w którym senior jest objęty kompleksowym leczeniem. Aktualnie dysponuje ośmioma oddziałami (chirurgiczny, anestezjologii i intensywnej terapii, ginekologiczny, urazowo-ortopedyczny, okulistycznych, neurologiczny, geriatryczny, chorób wewnętrznych i geriatrii oraz izba przyjęć i blok operacyjny), do których może przyjąć jednocześnie 156 pacjentów. Szpital stanowi podstawową jednostkę organizacyjną Samodzielnego Publicznego Zakładu Opieki Zdrowotnej MSWiA w Krakowie, na który składają się także przychodnie w Krakowie, Nowym Sączu i Tarnowie.
W latach 2015 i 2018 Zakład uzyskał akredytację CMJ Ministra Zdrowia w zakresie działalności Szpitala.
Średnio rocznie w Szpitalu jest hospitalizowanych ok. 7.500 pacjentów.
Personel lekarski i pielęgniarski specjalizuje się w dziedzinie geriatrii. We wszystkich Oddziałach zatrudnione są pielęgniarki posiadające specjalizację geriatryczną.
Szpital jest jedną w nielicznych jednostek, która jest miejscem kształcenia lekarzy specjalistów i pielęgniarek z zakresu geriatrii a także prowadzone są zajęcia praktyczne dla studentów zawodów medycznych.
Szpital zapewnia opiekę medyczną i łóżka szpitalne funkcjonariuszom resortu spraw wewnętrznych i administracji zabezpieczającym duże wydarzenia masowe na terenie Województwa Małopolskiego m.in. Światowe Dni Młodzieży, wizyty Ojca Świętego.
Na bieżąco zabezpiecza medycznie wizyty osób ochranianych przez Służbę Ochrony Państwa, które przebywają na terenie Małopolski.